Công ty mẹ, Tổng công ty Tư vấn xây dựng thủy lợi Việt Nam-CTCP (HEC) là công ty cổ phần được chuyển đổi từ Công ty mẹ - Công ty Tư vấn xây dựng thủy lợi Việt Nam theo Quyết định số 3075/QĐ-BNN-ĐMDN về việc phê duyệt phương án cổ phần hóa công ty mẹ của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Cơ cấu tổ chức hiện tại của HEC như sau:

1. Khối Văn phòng Công ty mẹ:

Cơ cấu tổ chức quản lý điều hành gồm:

• Hội đồng quản trị (HĐQT)
• Ban Tổng giám đốc (BTGĐ)
• Văn Phòng (VP)
• Phòng Kế hoạch và Đầu tư (KHĐT)
• Phòng tài chính kế toán (TCKT)
• Văn phòng đại diện Tổng Công ty TVXDTL Việt Nam-CTCP tại TP. Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa

2. Các đơn vị hạch toán phụ thuộc HEC (09 đơn vị):

• Công ty Tư vấn 11 (HEC11);
• Công ty Tư vấn 12 (HEC12);
• Công ty Tư vấn địa kỹ thuật 14 (HEC14);
• Công ty Tư vấn khảo sát và Xây dựng số 15 (HEC15);
• Công ty Tư vấn khảo sát và Xây dựng số 16 (HEC16);
• Công ty In Thủy lợi (INTL): Tạm dừng hoạt động từ ngày 01/5/2022;
• Chi nhánh Tổng Công ty TVXDTL Việt Nam-CTCP tại Thành phố Hồ Chí Minh.

3. Các công ty con (03 công ty):

• Công ty CP Tư vấn Xây dựng Thủy lợi 3 (HEC 3);
• Công ty CP Tư vấn khảo sát và Xây dựng số 4 (ICC4).
• Công ty cổ phần quản lý và dịch vụ HEC (HECMS)

4. Các công ty liên kết:

• Công ty CP Tư vấn khảo sát và Xây dựng số 2 (ICC2);
• Công ty CP Tư vấn đầu tư và Xây dựng thủy lợi thủy điện (HEC17).

5. Công ty liên doanh:

• Công ty Tư vấn công trình châu Á - Thái Bình Dương (APECO).